En la designació de la persona que ocupa la Presidència del Consell intervenen el Govern i el Congrés dels Diputats. El Govern proposa un candidat o candidata, que haurà de ser una persona de reconegut prestigi i competència professional. La persona proposada haurà de comparéixer en la Comissió corresponent del Congrés dels Diputats i obtindre la ratificació de la Cambra per majoria absoluta. Finalment, el nomenament es realitza per Reial decret aprovat en Consell de Ministres.

La Presidència, el mandat de la qual és de cinc anys, no renovable, exerceix les seues funcions amb plena independència i total objectivitat, no està subjecta a mandat imperatiu i no rep instrucció de cap autoritat. Exerceix les seues funcions amb dedicació exclusiva i plena subjecció al règim d'incompatibilitats dels alts càrrecs de l'Administració General de l'Estat.

La Llei 19/2013 de transparència, accés a la informació pública i bon govern atribuïx a la Presidència del Consell àmplies responsabilitats en la governança de la institució i en la presa de decisions. Les seues funcions estan regulades en l'article 38 d'esta norma i en l'article 13 de l'Estatut del Consell.

Ostenta la representació legal i institucional del Consell i dirigeix i coordina les activitats de tots els seus òrgans directius. Coneix de les reclamacions d'empara sobre accés a la informació pública, adopta criteris d'interpretació uniforme de les obligacions de la Llei de transparència i directrius, recomanacions o guies per a la seua correcta aplicació, i respon les consultes que formulen els òrgans encarregats de tramitar i resoldre les sol·licituds d'accés a la informació, entre altres funcions.

A més, celebra contractes i convenis, autoritza despeses i pagaments, formula i aprova els comptes anuals de l'entitat i exerceix les funcions de prefectura del personal. També participa amb freqüència en diferents fòrums, simposis, trobades i conferències, tant nacionals com internacionals. I compareix, almenys una vegada a l'any, en el Congrés per a informar i rendir comptes sobre l'activitat de la institució i presentar la memòria anual del Consell.

Fco. Javier Amorós Dorda (president en funcions. Novembre de 2017-octubre de 2020)

Llicenciat en Dret per la Universitat Complutense de Madrid i funcionari del Cos Superior d'Administradors Civils de l'Estat des de 1982. Ha exercit diversos llocs en l'Administració General de l'Estat, entre ells, els de subdirector general de Classes Passives en el Ministeri d'Hisenda i subdirector general d'Organització i Procediments en el Ministeri d'Hisenda i Administracions Públiques. Al desembre de 2014 va ser nomenat subdirector general de Transparència i Bon Govern del Consell de Transparència i Bon Govern. Després de la defunció d'Esther Arizmendi va exercir la Presidència interina de la institució fins al nomenament de José Luis Rodríguez Álvarez a l'octubre de 2020.

Esther Arizmendi Gutiérrez (desembre de 2014-novembre de 2017)

Llicenciada en Dret per la Universitat Complutense de Madrid i tècnic superior d'Administració General, Administració Local i Administració civil de l'Estat. Va desenvolupar una llarga trajectòria de més de tres dècades en l'administració, on, entre altres responsabilitats, va ser directora general de Modernització Administrativa, Procediments i Impuls de l'Administració electrònica. Va ser ponent de la Comissió per a la Reforma de les Administracions Públiques (CORA) com a presidenta de la Subcomissió de Simplificació Administrativa abans que es creara el Consell de Transparència i Bon Govern, per a la Presidència del qual va ser nomenada al desembre de 2014. Va posar en marxa la institució, i va estar al capdavant del Consell fins a la seua defunció, al novembre de 2017.