El Consell de Transparència i Bon Govern s'estructura en una Presidència, de la qual depenen diversos òrgans directius, i en la Comissió de Transparència i Bon Govern.
La Comissió és un òrgan consultiu col·legiat presidit per la persona que ostenta la Presidència del Consell de Transparència i Bon Govern, i en el qual tenen representació diversos òrgans i institucions estatals. Aprovar la memòria anual del Consell, proposar l'adopció de recomanacions, directrius o guies sobre transparència i dret d'accés a la informació pública i informar projectes normatius estatals relacionats amb estes matèries són algunes de les seues funcions.
La Comissió està regulada en l'article 36 de la Llei 19/2013, de 9 de desembre, de transparència, accés a la informació pública i bon govern i en l'article 15 i següents del Reial decret 615/2024, de 2 de juliol, pel qual s'aprova l'Estatut del Consell de Transparència i Bon Govern.