El Consejo de Transparencia y Buen Gobierno se estructura en una Presidencia, de la que dependen varios órganos directivos, y en la Comisión de Transparencia y Buen Gobierno.
La Comisión es un órgano consultivo colegiado presidido por la persona que ostenta la Presidencia del Consejo de Transparencia y Buen Gobierno, y en el que tienen representación diversos órganos e instituciones estatales. Aprobar la memoria anual del Consejo, proponer la adopción de recomendaciones, directrices o guías sobre transparencia y derecho de acceso a la información pública e informar proyectos normativos estatales relacionados con estas materias son algunas de sus funciones.
La Comisión está regulada en el artículo 36 de la Ley 19/2013, de 9 de diciembre, de transparencia, acceso a la información pública y buen gobierno y en el artículo 15 y siguientes del Real Decreto 615/2024, de 2 de julio, por el que se aprueba el Estatuto del Consejo de Transparencia y Buen Gobierno.