O Consello de Transparencia e Bo Goberno estrutúrase nunha Presidencia, da que dependen varios órganos directivos, e na Comisión de Transparencia e Bo Goberno.
A Comisión é un órgano consultivo colexiado presidido pola persoa que ostenta a Presidencia do Consello de Transparencia e Bo Goberno, e no que teñen representación diversos órganos e institucións estatais. Aprobar a memoria anual do Consello, propor a adopción de recomendacións, directrices ou guías sobre transparencia e dereito de acceso á información pública e informar proxectos normativos estatais relacionados con estas materias son algunhas das súas funcións.
A Comisión está regulada no artigo 36 da Lei 19/2013, do 9 de decembro, de transparencia, acceso á información pública e bo goberno e no artigo 15 e seguintes do Real Decreto 615/2024, do 2 de xullo, polo que se aproba o Estatuto do Consello de Transparencia e Bo Goberno.