Con carácter anual, el Consejo elaborará y la Presidencia de la institución aprobará un anteproyecto de presupuesto, con la estructura que señale el Ministerio de Hacienda, y lo remitirá a este para su posterior integración en los Presupuestos Generales del Estado, de acuerdo con lo previsto en la Ley 47/2003, de 26 de noviembre.
El presupuesto tendrá carácter limitativo por su importe global y carácter estimativo para la distribución de los créditos por categorías económicas, con excepción de los correspondientes a gastos de personal y de las subvenciones nominativas y las atenciones protocolarias y representativas, que tendrán carácter limitativo y vinculante.
A la Presidencia del Consejo le corresponde autorizar las variaciones presupuestarias que impliquen hasta un 3% de la cifra inicial de su presupuesto total de gastos, siempre que no se incrementen los créditos para gastos de personal. Las variaciones por encima de ese porcentaje deberán ser autorizadas por la persona titular del Ministerio de Hacienda.
Las variaciones internas entre las diversas partidas presupuestarias que no incremente la cuantía global del presupuesto, serán adoptadas por la Presidencia del Consejo, salvo que afecten a los créditos para gastos de personal, que deberán ser autorizadas por la persona titular del Ministerio de Hacienda.